与此同时，杨廷和掌握着裁汰原来六部尚书以下官员的权力。
外交部，卫生部，邮传部，工业部，交通部，农业部，新六部直接对皇帝负责，干得都是皇帝都想干的事情，由于事情进展的顺利，所以看起来越来越热火朝天。里面聘用的都是举人、秀才，监生，或是商人，有些干脆是兵工厂的员工直接调用。
他们都是实践着嘉靖皇帝主张的，这时一个尖锐的矛盾浮现了出来。原来的藩王后代经过繁衍，已经数量激增。明朝财政收入全部去购买粮食发放都有点不够。这让各位大臣头疼，连大权在握的杨廷和都不敢私自定夺。好在嘉靖皇帝英明睿智，他为解决长期困扰明王朝的宗藩问题而颁布实施的《宗藩条例》。明朝的宗藩制度始于建国初期，本身藩王还带军打仗，能起到武将的作用。后来明成祖经“靖难之役”继位，害怕藩王谋反，就让藩王除了混吃等死读书之外，什么都不许做。
在这个制度下，宗室家族世代承袭，只享受优厚的待遇，但却无所事事，成为由朝廷供养的一群寄生阶层。随着时间的推移，宗室生齿日繁，人数不断扩大，朝廷的负担也就日益加重。洪武时，山西惟封晋王一人，到世宗时剧增为两万余人;朝廷所支付的禄米也由每年1万石，增至87.2万余石。
这还仅仅是在山西一地，明王朝背上了沉重的负担，越来越无法忍受。面对严重的“宗藩”问题，嘉靖皇帝采取一系列措施，予以解决。更要命的是，湖北有全国四分之一的藩王。所以封在武昌的楚王要为自己建个坟，还得以二换一的将樊哙等人的后裔迁走。区区楚王府，第一代楚王朱桢的后裔，居然膨胀到近万人。当然，到这时只有少数人领到禄米。别的人只能靠自己谋生路，于是偷盗者有之，欺行霸市者有之。更有甚者，还有人勾结在一起盗掘坟墓的。明代时，汉代楚王刘交坟墓被盗。虽然，汉楚王刘交在自己墓碑刻上了“薄葬墓中无宝”字样，还是没有逃脱毒手。居然，这就有明楚王旁支庶出后代的一分功劳。这楚王从朱桢开始，与帝王血脉日渐疏远，但是因为楚王会来事。不断和各个皇帝交流，所以首任楚王居然获得了宗人府掌管的位置。以后的楚王，也很得皇帝们宠信。楚王对自己的位置看得很清楚，所以没有过谋反的举动。不过，官府对楚王系的庶出也不客气，犯罪的也不判罚，直接扔进长江里了事。后来上海滩的大哥们，绑人扔进黄埔江就是学的武昌府的官员。
嘉靖颁布实行的《宗藩条例》，它一方面限制诸王宗藩的请封活动，另一方面减少亲王的