虽然郑国渠的建设本身对秦国利大於弊，但其企图疲弊秦国的意图，郤引起秦国本土大臣的警觉，认為山东六国出身的客卿根本不值得信任，在他们的怂恿下，嬴政颁布「逐客令」，驱逐一切出身六国的客卿。据《史记秦始皇本纪》记载，嬴政颁布「逐客令」的时间為秦王政十年（公元前237年），正值吕不韦因嫪毐之乱被罢免的时间，因此「逐客令」很有可能针对的是「养士三千」的相国吕不韦，以削弱吕不韦的势力。
吕不韦的门客之一，出身自楚国上蔡的李斯也在被逐之列。為了避免被逐的命运，李斯主动向嬴政上书，这就是著名的「諫逐客书」，内容大致如下：
“臣闻吏议逐客，窃以為过矣。昔穆公求士，西取由余於戎，东得百里奚於宛，迎蹇叔於，求丕豹、公孙支於晋；此五子者，不產於秦，而穆公用之，并国二十，遂霸西戎。
孝公用商鞅之法，移风易俗，民以殷盛，国以富强，百姓乐用，诸侯亲服，获楚、魏之师，举地千里，至今治强。
惠王用张仪之计，拔三川之地，西并巴、蜀，北收上郡，南取汉中，包九夷，制鄢、郢，东据成皋之险，割膏腴之壤，遂散六国之从，使之西面事秦，功施到今。
昭王得范睢，废穰侯，逐华阳，彊公室，杜私门，蚕食诸侯，使秦成帝业。此四君者，皆以客之功。
由此观之，客何负於秦哉？向使四君却客而不内，疏士而不用；是使国无富利之实，而秦无强大之名也。”—李斯《諌逐客书》节录。
韩非出身韩国公族，有口吃的毛病，与李斯都是战国著名思想家荀子的学生，李斯自觉才学不如韩非，他们都信奉「性恶论」，认為人的思想容易受到环境左右。
自商鞅变法后使秦国强大后。秦国的统治阶级便相当重视法家思想，并用之作為治国方针。另一方面，韩非自荀子处学成归来后，多次上书韩王。但不為所用，於是写下《五蠹》、《孤愤》、《显学》、《难言》等著作。
韩非的著作流传到秦国后，嬴政相当欣赏其所阐述的治国思想，当从李斯口中得知作者為韩非后，即以战争作要胁。逼韩王命韩非出使秦国。
公元前233年（秦王政14年），韩非出使秦国，受到嬴政的欣赏，準备加以重用，李斯与姚贾怕嬴政重用韩非，私下诬陷韩非，说韩非是韩国宗室公子，必定不会效忠秦国，既然不能為嬴政所用，那就是一个祸患。劝嬴政把韩非禁錮在云阳，嬴政深以為然。
不过李姚两人害怕嬴