击，加之不得人心。很快就被击溃。
在悬红铜钱百万的重赏下，嫪毐被生擒，被送至咸阳后，处以车裂之刑，「夷三族」，其和太后所生的两个儿子也被杀，其童仆门客皆被流放蜀地，太后赵姬则被囚在雍都。
可是在当时，禁锢亲母始终有悖孝道，嬴政余怒未消。下令凡为太后求情的，先用蒺藜责打，然后杀掉，为此有27位进谏者被杀。
这时齐国人茅焦劝说嬴政。指出幽禁母亲有损嬴政声名，难以让天下人信服；杀害进献忠言的大臣，会寒了天下人才之心，对收买六国人心、统一天下大业不利。
嬴政顿时茅塞顿开，采纳了茅焦的建议，厚葬被杀的大臣。又亲自率领车队，前往雍地把太后接回咸阳，复居甘泉宫，母子关系得以恢复。茅焦因此事被尊为上卿。
不过亦有学者认为茅焦的一番话未足於令嬴政改变初衷，真正让嬴政担忧的，是赵系外戚势力在嫪毐之乱中几乎烟消云散，让华阳夫人为首的楚系外戚势力成为最终的胜利者，出於帝王平衡的需要，嬴政才宽大对待嫪毐流放蜀地的门客，以及将赵姬迎归咸阳，避免楚系外戚独霸朝堂。
公元前229年（秦王政十九年），太后赵姬去世，諡号为帝太后，与庄襄王合葬在茝阳。
嫪毐叛乱最终牵连到相国吕不韦，嬴政打算诛杀吕不韦，但吕不韦毕竟令嬴政父亲得以登上秦王之位，有拥立之功，而且有众多吕不韦门客求情，於是打消了判处吕不韦死刑的念头。
公元前237年（秦王政十年），嬴政以失职为名罢免吕不韦的相国职务，并把吕不韦放逐到其领地。
不过一年过后，吕不韦仍然名声显赫，有不少来自各诸侯国的宾客使者，专程拜访吕不韦，令嬴政深感不安。嬴政惟恐吕不韦发动叛乱，在公元前235年（秦王政12年）向他赐下一封指责他的敕书，大致内容如下：君何功於秦。秦封君河南，食十万户。君何亲於秦。号称仲父。其与家属徙处蜀！─《史记吕不韦列传》
吕不韦被下诏，命他与其族人迁往蜀地，想到嬴政不会放过自己，惟有服毒酒自杀，遗体被其食客偷偷安葬在洛邑北邙山。
嬴政对於吕不韦的旧部，与参加吕不韦葬礼的宾客，采取下列措施：对於出身自六国的吕不韦门客，一律驱逐出境。对於俸禄在六百石以上的秦国官员，剥夺其爵位，流放至房陵。对於俸禄在五百石以下的秦国官员，若未参与吕不韦葬礼，同样流放至房陵，但不剥夺其爵位。
自嫪毐及