曾国藩在撤退之前，把剩下的近千颗水雷，包括上百颗锚雷全扔入了江中，滚滚木箱飘向下游，迫使民盟军不得不停止追击，静下心来扫雷。.
在把漂雷与锚雷全部清扫掉之后，天色已经接近了傍晚，湘军水师早跑的没影没踪了，追击没有任何意义，王枫只得下令就地宿营，明日再渡鄱阳湖。
另外一直到深夜才清点出来，共收编太平军两万与湘军一万五，山顶上的湘军约有两千，死伤近半之后，剩下的也悉数归降，而竿军的人数是一万八，现场搜索到的尸体有近五千具，也就是说，差不多一万三千人一哄而散。
第二天一大早，民盟军开始横渡起了鄱阳湖，鄱阳湖湖口宽度最窄处约一公里半，近七万人渡过去，足足用了两天时间，直到六月二十日傍晚才进驻九江，这也让王枫彻底绝了追击曾国藩的心思。
接下来的一段时间，王枫定下心来整编湘军和太平军两万余人，太平军相对容易，林启荣被任命为了第十四军军长，划入第四集团军，在更新装备与初步操练之后，归李秀成统辖。
而湘军的情况较为特殊，湘军兵勇全部是由各营营官自行招募，也就是说，湘军只认自己的营官，这在某种程度上具备了私军的特征，是民盟军绝不允许的。
在中国近代史上，北洋各路军阀来自于淮军，而淮军沿袭的是湘军营制，虽然湘军在清庭的猜忌下很快式微，不过湘军以营官募兵，进而形成自己私军的传统却沿袭了下来。
对于湘军，由于没法在短时间内摸透各营官的具体情况，因此王枫索性把营官一级的将领全部开除，每人发一百个大洋遣散费放回家，营官以下的一万多人暂时混编入各连，将来再抽调人手另成一军。
整编足足用了八天。到六月二十九日，传来了南昌的消息，果然不出所料，在九江湘军溃败之后。南昌守军一万五千人投降，江西巡抚文俊上吊自杀，至此，江西全境落入民盟军手上。
由于事先传来了武昌湘军已经弃城而逃的消息，因此王枫命第八军一个师在五艘炮艇的配合下进驻武昌。命令李秀成留下防守江西的力量之后，挺进湖南，他自己也带着其余部队深入湖南境内，至于那三艘护卫舰，跟着的意义已经不大，况且也中了弹，需要回基地修理，因此早在数日前就往回驶去。
曾国藩曾寄期望于湖南乡绅会给王枫带来大麻烦，可是湖南乡绅的力量基本上都变现为了湘军，而湘军收编的收编。逃的逃，这使得他们的力量正处于最虚弱的时期。