的埃米尔们大多被打发走之后，马守应便按照明军的营军制，将这只叶尔羌军分成了七营，每营人数在700-900之间。每营又分为五队，每队又分为五哨，每哨又分为五棚。一棚为6-10人，棚内兄弟必须同吃同住，以加深彼此之间的关系和了解，避免再出现战场上逃亡的状况。
这新编的七营，人数有多有少，战力也有高有低，因此马守应又将之分为左右两翼。战斗力强的四营人马编为左翼，他自己亲自带领。战斗力较弱的三营人马则编为右翼，由跟随沙赫巴兹伯克出战却能全身而退的埃米尔亚拉格带领。
马守应侦查到海达尔退到距离大营西北约六十里的村子休息了十天，也没能等到自己出击而再次向安集延撤退后，便和亚拉格商议，由他带领右翼三营出兵，扫荡大营百里以内的村子，将他们迁移到大营后方看管起来。
如此一来，既能够从这些村子里获得足够的物资，也能断绝安集延从本地区继续获得情报和人手，从而让安集延变成聋子和瞎子。
在亚拉格三营人马出发扫荡的时候，马守应也加紧了对于手中四营人马的训练，将这只业余的军队变成在战场上能够听从指挥的军队。
应该来说，这对于马守应并不是什么艰难的任务，毕竟在他手下有着大量明军边军出身的亲卫，还有二十多名隐藏了身份的明军低阶军官。
而摒弃了埃米尔们在军中的职务之后，这些空缺出来的军官职务除了被马守应用来安插自己人之外，还提拔了一大批战场上表现出色的士兵，这一举动使得他对于远征军的整编行动得到了底层士兵们的支持。毕竟在过去，这些低级军官的职位可轮不到平民来担任。
马守应的策略很快就对战局造成了影响，乌兹根地区的村子里虽然也有一些能够作战的牧民，但是面对有组织的军队依然是不够看的。
在亚拉格率队屠灭了两个不肯搬迁的村子之后，这一地区剩下的村子便不敢再试图抵抗这些叶尔羌人，遵照着军队的命令带着家人和粮食财物迁移到了叶尔羌大营的东面，生生在安集延和叶尔羌大营之间造成了一片近百里的无人区。
再无法获得安集延的庇护下，乌兹根地区终于向自己的新主人表示了臣服。这一地区129个村子中，有89个村子向叶尔羌大营派出了使者和粮车，表示愿意归降叶尔羌汗国，只求对方不要摧毁自己的家园。
而剩下的村子不是遵照叶尔羌军的命令搬迁了，就是干脆整村人一起逃往了安集延，想要等待战争结束后再返回