海达尔虽然撤退了，但是马守应却没有出营追击，他趁着安集延人撤退的机会，开始了对于叶尔羌军的整顿。
虽然叶尔羌汗向大明表示了臣服，也邀请了大明朝廷派人前来整顿叶尔羌的行政机构和军队组成。但表面上叶尔羌汗国却还是一个独立的国家，因此此种行政和军事的变革并没有全面的深入下去，埃米尔们在行政和军队中依然保持着强大的话语权。
但是随着沙赫巴兹伯克和一大批和他一起出战的埃米尔的死亡，使得这只出征布哈拉汗国的军队出现了微妙的变化。
这些远征军中的叶尔羌士兵们，从来没打过这么残酷的战争。叶尔羌汗国内部虽然有着东、西部领主之间的冲突，但是这种内部战争中，士兵的伤亡其实并不大，只要战场上局势不利他们就可以投降，对面军队的将领也很乐意接受投降，或是把他们变成自己的农奴，或是将他们补充进仆从军去。
归根结底，大家都是来自于同一个国家、同一个民族，且大多数人的宗教信仰也相同，因此很容易就能消化变成自己的力量。
但是对于安集延人来说，叶尔羌人是不折不扣的外人，哪怕大家信仰的是同一个宗教，也不能改变叶尔羌人是来强占他们土地的事实。在这样的情绪下，安集延兵对于叶尔羌人也就毫不手软，很少会去俘虏活人了。
在安集延人的屠杀下，叶尔羌军很快就两级分化了，以埃米尔为首的军事首领们被安集延人的残暴吓跑了胆，纷纷打起了退堂鼓。而底层的叶尔羌兵们，因为同乡或家人被杀，开始变得坚强起来，想要为死难者复仇。
马守应便是利用了底层士兵们的复仇意愿，加上沙赫巴兹伯克死后他身为这只军队统帅的优势，把这只军队的指挥权彻底的从埃米尔们手中夺了过来。
叶尔羌大营的守军加上刚刚抵达的后军和陆续归来的残兵，营中的人马很快便恢复到了五千六、七百的数量。这样规模的军队攻打安集延城大约还不足，但是防守大营却已经绰绰有余。
马守应夺取了军队的指挥权后，又借口天气炎热战死者的尸体不易保存，加上克雷奇汗需要知道沙赫巴兹伯克等人的死亡，好给他们继续派遣援军和指示，因此便命令营中的埃米尔们带着沙赫巴兹伯克等人的尸体返回喀什噶尔报信，并求援。
马守应的强势，士兵们的倾向，加上安集延人的凶残，使得这些埃米尔们虽然口上激烈反对，但是在马守应下达命令之后，他们还是毫无延迟的踏上了归程。
待到营中