并架空了京城勋贵和将门充斥的五军都督府。
由于受到损失的是勋贵和武官集团的权益，因此刚开始的时候大家还是非常支持总参谋部的工作的。在不少官员眼中，孙承宗起码是文官集团的一份子，总参谋部的成立等于在朝中驱逐了勋贵武将集团最后的存在，让文官们完全掌控了朝廷大政，这是一件好事。
就在他们还在积极的支持总参谋部对于五军都督府的夺权行动时，因为兵部发生的几件贪污案，总参谋部立刻转身对付起了兵部，从兵部手中夺取了不少权力，并以军令和军政分离的借口，把边军的后勤供应先抢到了手里。
边军的后勤供应，一向掌握在兵部派出的兵备道手里。兵备道出现于洪熙年间，在正德、嘉靖年间开始在地方大肆设置，并以为常设机构。各地兵备道根据职责不同，也有兵备、兵巡、巡海三种称呼，以各省按察司官员出任这一职务，不过兵备道的设置和裁革皆由兵部负责，因此兵备道算是兵部在地方的分支机构。
兵备道的权力很是繁杂，监察权、司法权、军事职权之外，就算是地方民务有时也可过问。当然，兵备道最为主要的职责还是：分理军务，操练卫所军队和地方民快，缉捕盗贼镇压民乱，管理卫所兵马、钱粮和屯田，巡视江湖防御等。
总的来说，一个兵备道就等于一个小小的都督府。总参谋部在各地建立都督府，首先剥夺的，便是这些兵备道的权力。一旦失去了兵备道的职官，这些按察司官员也就失去了自己手中最大的一块权力。
因此对抗总参谋部最为积极的，便是这些地方上的兵备道。总参谋部制定出来的卫所改制、编练新军和建立地方军队后勤系统的计划，往往刚到地方就被这些兵备道使出了浑身解数抵挡了下来，无法落实下去。
去年丰镇一役，凭借着大明军队少有的胜利，总参谋部一举拔掉了大同、宣府等地的兵备道，建立了自己的后勤管理体系。但是大明其他地方的卫所将领和兵备道官员，也就是老实了一些，但却依然在暗中抵制总参谋部下达的命令。
在这样的时刻，如果能够击败大明最为险恶的敌人，也是被各地明军看做野战无敌的女真大军，那么总参谋部颁发的命令才能让这些卫所将领们感到敬畏。
不管大明的军队再怎么腐化，军队的本质决定了，谁的武力强横，谁在军中就有最大的话语权。那些兵备道不过是依仗着朝廷体制，才能对各地卫军呼来喝去，他们依然还是游离在军队体系之外的官员。
一旦这些兵备