祯联合北方士绅在朝堂上打压了盐商背后的南方士绅集团，在现在这个局势之下，恐怕会有一些不甘心的人跳出来扰乱人心，以求能够通过外敌入侵来打击北方士绅，从而给自己创造翻身的机会。
现在这个警告，显然是要这些参谋们不要插手朝堂的政事。孙承宗很快便代替属下温和的回答了崇祯，表示总参谋部一定会好好教育内部人员，不会让他们作出令皇帝失望的事来。
于是，今日的军议才正式开始进入了正题。同内阁的几位阁臣相比，总参谋部的成员们却把这次后金的入侵当成了，一次能够证明总参谋部和编练新军能力的绝佳机会。
虽然内阁通过了筹备各地都督府，编练新式陆军的计划。但是除了西南、京畿、宣大、河南、甘肃五地成立了都督府之外，其他地区的卫所将领和地方督抚对于建立地方都督府兴趣都不大。
西南、宣大、河南、甘肃这五个地方之所以能够先建立起都督府，完全是因为去年战争和陕西大旱，使得这些地方的军队不得不听命于总参谋部进行整编。而京畿地区就没什么好说的了，这一地区本身就处在朝廷的直接控制下。
卫所将领和地方督抚之所以不愿意响应总参谋部建立地方都督府，都在于他们不愿意把自己手中的权力给交出去。
成立地方都督府之后，原本是一个个独立王国的地方卫所就等于被打破了，卫所将领对于军户予取予求的独裁权力，也将被都督府收回，这当然不是那些卫所将领所能接受的。
而地方督抚同样对建立地方都督府不感兴趣，他们原本已经控制住了地方上的卫所，就算没有这个地方都督府，也一样能够随意指挥地方上的卫所军。反倒是等这个地方都督府成立之后，督抚对于地方军队的控制权力就化为了乌有。
因此，只要不是面临战争危机和卫所财政问题，谁也不愿意让朝廷派员削减自己手里的权力。不过，不管是卫所将领、兵备道、兵马副使，还是地方督抚，也不敢公然反对内阁通过的改革方案。
他们不过是采取了消极抵抗，和不停的向朝廷发出题本，声称擅自更改祖制恐怕会影响各地卫所军队对朝廷的忠诚心，从而引发地方变乱。要求朝廷建立地方都督府的举措不要过于激进，而是以3-5年，或是以8-9年为期，妥当而慎重的逐步成立地方都督府这个机构。
总参谋部起初是以孙承宗的门生故吏为核心建立起来的新机构，它刚刚开始出现的时候，是为了整合五军都督府对各地卫所军队的统一管理权力，