武吉作为领地。
与海贼大名九鬼嘉隆成为织田家族水军总大将一样，屡立战功的村上武吉，在获得来岛城以后也成为毛利家族的水军总大将；相比较而言，海贼三雄中的最后一雄来岛通总，就要弱了许多。
在来岛通总父亲村上通康的时代，由于河野通直无子，有意收女婿村上通康为养子继承自己的家族，但是却受到河野家族所有重臣的强力反对，因为河野家族的家臣团多是倾向由予州分家当代家督河野通存之子河野通政为家族继承人，双方为此几近兵戎相向。
最后还是由丰后大友家族家督出面调解，河野通直退让隐居，由河野通政继位家督；但是河野通政不久即病故，遂以其弟河野通宣继承，后来河野通宣娶了伊予高仙城主河野通吉的遗孀，遂以其子牛福丸为继承人。
由于河野通吉生前为了河野家族宗家和予州分家的和谐多次奔走，同时擅长内政在领民中威信很高，所以河野家族的主权至此终于确认。
不论如何这次争端的结果，对村上通康并无益处，家中主权从主家传到分家，再从分家传到分家的分家，就是身为河野通直直系血亲的自己完全没份；尽管在村上通康一代，这股怨气并未真正发作，但传承到了其子村上通总身上后，双方君臣关系却因此恶化。
村上通康辞世后，其遗下的儿子中，长子村上通年改继承得居氏、次子村上吉清庶出、三男又右卫门早故，因此由年仅七岁的四子村上通总承继家督之位，以长子和家族重臣村上吉继辅佐。
后来毛利家族和大友家族在筑前展开攻防战，基于河野家族和毛利家族的同盟以及自父亲村上通康以来和毛利家族的良好关系，村上通总率领来岛村上水军加入毛利家族一方。
然而，同时领军出战的能岛水军之主村上武吉却接受了大友宗麟的劝说，无视毛利家族下达的命令，自行将水军开往周防上关，导致来岛村上水军陷入独战大友水军的苦战困境，造成来岛水军极大的损失，此后来岛村上家族与能岛村上家族彻底反目。
再往后的木津川口之战，由于来岛村上家族多是信奉曹洞宗，村上通总对救援一向宗一事并不积极，仅由其家族重臣村上吉继出战；毛利家族方面则让村上武吉担任主将，率领三岛村上水军八百艘各式战船组成的船队出发，并在木津川口大败织田水军。
第二次木津川口之战时，三岛村上水军在木津川口为织田家族九鬼水军的铁甲船大败，使毛利家族痛失以往在水上的战斗优势；与此同时，河野家族也意