在清水里泡三次，在血水里浴三次，在碱水里煮三次，我们就会纯净得不能再纯净了。
——列夫·尼古拉耶维奇·托尔斯泰（世界文学史上最杰出的作家之一）
半年之后，在毛利元就的亲自策划下，由其三子小早川隆景率因岛村上、来岛村上、小早川、儿玉、投降的屋代岛白井等诸路水军，联合围剿村上武吉的本城能岛城！
本来要覆灭已入愁城的村上武吉对小早川隆景来说是易如反掌，但小早川隆景因惋惜村上武吉的武勇舍弃了正面进攻，反而冒险单身上岛入城劝降；村上武吉毕竟是个铁铮铮的海上男儿，眼见小早川隆景仁勇的气概，他大为感动于是接受了小早川隆景的说服回归毛利家族，从此忠心不二。
这时，称霸畿内的织田信长已率军将摄津一向宗的本寺石山本愿寺包围数年；逼于无奈之下，已将近弹尽粮绝的本愿寺方向他们的盟友毛利家族求取大批军用物资。
于是，毛利元就便下令村上武吉由海路运送入本愿寺，能岛村上家族本来就是异常热诚的一向宗徒；村上武吉不敢懈怠，很快便组织了一支由八百艘各式船舶组成的船队出发。
运送途中，村上水军与织田家的九鬼水军、安宅水军于木津川口遭遇，村上水军倚仗本身精熟的操舵技术将织田水军打得七零八落，从此村上武吉就成了织田家族进攻本愿寺的头痛人物。
为了有效反制村上水军，织田信长采用双管齐下的方法，一方面离间已有心结的来岛村上家族与能岛村上家族，另一方面集中近江国友村的铁匠跟伊势国熊野的船匠，由九鬼嘉隆与泷川一益领导开发新武器铁甲船。
天正六年，村上武吉一如往日统领水军部队运送军物资进本愿寺，但就在木津川口村上武吉的水军再次遇上了织田家族的熊野水军；九鬼嘉隆的六艘铁甲船，披上铁甲的战船使以往百战百胜的烧夷战术失去效用，同时船上负载的大筒和铁炮也发挥威力痛击村上水军，村上武吉大败而回。
没过多久，在织田家族部将羽柴秀吉的劝诱下，来岛村上家族当代家督村上通总反出毛利家族改投织田家族；此事使毛利家族陷入惊慌，毛利家族在与因岛、能岛两村上家族再度重申盟约后联合出兵声讨来岛村上家族，并于六月份对来岛村上家族本城来岛城发动了总攻击。
在村上武吉的猛烈进攻下，来岛城失陷，村上通总匆忙逃往京都投向羽柴秀吉，之后羽柴秀吉让他改以居地为姓，易名来岛通总，落入毛利家族掌握的来岛城则被赐为村上