经过长期流传，白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立。一部分教派崇奉弥勒佛，宣扬“弥勒下生”这一本属弥勒净土法门的宗教谶言。有的教徒夜聚明散，集众滋事，武装反抗朝廷统治。
白莲教自南宋诞生时起，就具有两种性格，即叛逆与安善兼而有之、交替表现的性格，因而它也就发挥了两种社会功能。
在平静的岁月里，白莲教作为佛、道正统宗教的补充，在下层社会发挥了佛、道二教所起不到的作用。每当天灾人祸接踵而至或社会动乱之际，白莲教就会与佛、道相悖，往往成为农民暴动或农民起义的战斗旗帜，这也是白莲教不同于正统宗教的所具有的特质。
宋末元初，由于受到元廷的打压，白莲教打着“反元复宋”的旗号，在民间聚集了大量的信徒，成为一股不可忽视的力量。
朱林说道：“朝廷也知道反元复宋和白莲教不是大宋支持的，但是他们打着赵昺的旗号在中原地区蛊惑人心，朝廷也是寝食难安，如果大宋现在在陆地上，朝廷的铁骑可能早就灭了赵昺了，但是赵昺当年逃到了大宋岛，朝廷也是心有余而力不足，因此才决定派一位公主与赵昺和亲，希望通过和亲，让赵家出现蒙古血统，这样用不了几代，大宋朝堂将会是蒙古人的天下，而赵家一旦与蒙古人通婚，就会降低赵家在中原人心中的威严，慢慢的中原人反元复宋的热情就会降低。”
朱林看了一眼吴又玄又说道：“赵昺现在是反元复宋的旗帜，大家都知道，只要赵昺不死，反元复宋的活动就不会停止，原本以为赵昺来到这里会被土着给杀了，结果赵昺竟然在陆秀夫和张世杰的带领下，把三大土着部落的首领给杀了，中原地区的汉人听说赵昺还活着，自然还坐着大宋有一天能够回来的白日梦，只要赵昺还活着，这些人就不会老实。其实大宋三岛谁做王，朝廷并不在乎啊，朝廷要的是安定，明白吗，吴兄？”
吴又玄明知故问道：“你的意思是如果杨勇取代赵昺的王位，蒙古人不会干涉？”
朱林说道：“赵昺现在是朝廷钦封的藩属国国王，这些年，赵昺并无过错，朝廷也找不到攻打赵昺的借口，但是赵昺活着，中原地区将永无宁日，如果赵昺死于意外，你们大宋三岛推举杨勇为新的王上，朝廷也是乐见其成的。回去告诉杨勇，大宋三岛只要不是赵昺及赵家人为王，其余谁做王朝廷根本不在乎。”
吴又玄又问道：“朱兄，刚才你的一番话我已经明白了，只是不知道你说的这番话是朝廷的意思还是您个人的意