在海军陆战队的士兵们在庆良间列岛登陆的同时，琼崖海军也没有闲着，伴随出海的扫雷艇针对着日军布置在冲绳水道附近的水雷进行了拉网式的扫雷行动。好在日本的水雷种类比较落后，清扫难度较低，琼崖海军很快便在预定登陆地点附近将日军埋设的水雷清扫一空，为登陆行动打开了道路。
对冲绳岛的登陆开始之前，情报中提到的日本海军并没有到来，真正对琼崖海军和登陆部队发动攻击的就只有日本的航空兵部队。
最初对琼崖舰队发动攻击的日本飞机数量并不是很多，因为数量不足，这些攻击并没能对琼军的活动造成什么太大的影响，日本人的袭击活动到了琼军真正开始登陆的时候才变得激烈起来。
琼军登陆冲绳的前一天，为了尽可能的消耗掉琼军的战力，日本联合舰队司令丰田副武觉得面对琼军倾巢而出的舰队，如果出击的飞机数量过少根本无济于事，为配合牛岛满驻守在冲绳岛上的日军部队抗击琼军的登陆，遂决定对琼军在冲绳海域的舰艇实施大规模空中攻击，投入分布在琉球群岛以及九州的各个机场上的飞机总数达2000架以上，作战代号居然和历史上如出一辙，为“菊水”。
日本人将作战代号拟定为“菊水”是有原因的，“菊水”的意思就是水中的菊花，这是日本十四世纪著名武士楠木正成的家徽图案，楠木在众寡悬殊的战斗中立下“七生报国”的誓言。意为即使死去七次也要转生尽忠，他因在战斗中与敌同归于尽的壮举为日本后世所推崇，从丰田副武将“菊水”作为行动的代号就可看出日军的这次攻击显然是以自杀性的特攻作战为主。
不过，这一次作战日本人所采用的自杀是攻击武器并非是他们寄予厚望的“樱花”式自杀炸弹，反而回到了历史上最初的“神风”攻击模式，既使用普通的飞机加挂炸弹进行撞击。
原本在见识到了琼军无线电遥控制导反舰导弹的巨大威力之后，日军便开始发展起自己的类似武器来。只不过由于技术不过关无法进行无线电遥控，只能在炸弹上安装一个驾驶舱，把人装进去进行人肉制导。可是即便如此这种自杀炸弹的研制工作仍然困难重重，因为日本人的火箭技术严重不过关，根本无法稳定的推进炸弹前进。几乎有一半的几率凌空爆炸，剩下的一半因为推进剂燃烧不均匀，经常性的发生严重偏航，修正都修正不过来。
在进行了多次试验都没有取得丝毫进展后，日本人最终还是放弃了像琼军那样利用火箭推动炸弹的推进方式，准备改用传统的螺旋桨推进