侨众多，因此疑心中国想“开疆裂土”。随着排华情绪渐浓，西菲当局欲迫害甚至屠杀华侨的意图越来越明显。
万历三十一年十月三日，不愿坐以待毙的华侨爆发起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了四使一天。起义很快演变成一场大屠杀。在当局的煽动和蒙骗下，包括土著、日侨在内的各方力量都参与到屠杀中。据统计。至少人万华侨被
大量屠杀华侨对吕宋本土经济产生致命影响，物资匮乏、经济萧条。当局财政状况恶化，甚至需要借贷度日。
西班牙人忧心中国商船不再到来，会令遥远的美洲受到波及。更大的恐惧是，他们担心明朝政府会进行报复。西菲当局紧急加强战备，但军队士气低落，口粮严重不足。殖民者只能心惊肉跳地等待。马尼拉笼罩在绝望和萧条气氛中。万历三十二年六月，一批对前途悲观的富人离开马尼拉，举家迁往墨西哥。
西班牙驻吕宋总督阿库尼亚一面做些表面工作。如部分发还华侨商人的财产，发动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”；一面派特使奎瓦携带致广东、福建两省巡抚和其他官员的函件。于万历三十一年十二月十日乘船前往澳门，并趁机刺探中国有否进攻吕宋打算的军事情报。考虑到澳门的葡萄牙人对中国比较了解，阿库尼亚还写了几封信，详述华侨起义事件，并附上致中国官员函件的副本，让奎瓦分发给澳门的司令官、主教、在政务方面有着较大发言权的耶稣会教士等。
奎瓦一行因遭遇风暴于当年二月折返马尼拉，二月二十五日又由一百五十名西班牙士兵和一名神父陪同再赴澳门。但葡萄牙人出于打击贸易竞争对手的考虑，始终未将函件转交中国方面。
奎瓦等抵达澳门的消息传到漳州，有经常往来漳州和马尼拉的中国富商到澳门与其会见，答应把函件转交中国官员。设法动员华侨继续贸易。奎瓦在澳门了解到，明朝政府已获悉屠杀事件，但全国平静，没有集结舰只进攻马尼拉的迹象。获此情报后，奎瓦购买了一批军事物资。于五月回到马尼拉。
奎瓦带回的消息令西菲当局忧惧大减，但直至万历三十三年五月，西班牙人望眼欲穿的华商船只仍难觅踪影，相反却从澳门传来消息，中国已经集结一支军队，准备前来兴师问罪。一时间又使西班牙人惊惧不已。事实上，尽管明朝当局了解了事件真相，但它一贯把移民国外的华侨视为贱民，因此仅写了一份《谕吕宋檄》，于万历三十三年五月底、六月初由中国贸易船队中一名船主带到马尼拉，分交吕