187年8月，渔阳人张纯与其同乡张举起兵反汉。张纯等与乌桓大人丘力居结盟，抄掠蓟县，杀汉护乌桓校尉公綦稠、右北平郡太守刘政、辽东郡太守阳众等。有众十余万，屯于肥如。张举自称天子，张纯自称弥天将军、安定王，二人移书州郡，声言张举将代汉为帝，要求汉帝退位，公卿奉迎张举。灵帝诏发南匈奴兵，随幽州牧刘虞进讨张纯。南匈奴单于羌渠乃遣其左贤王率骑兵诣幽州。其国人恐单于征发无已，遂反。
同年，凉州沦陷，凉州刺史耿鄙、汉阳太守傅燮先后战死。
188年2月，中原黄巾余部纷纷起事。于西河白波谷起事的郭太等攻略太原郡、河东郡等地。
3月，太常刘焉以天下兵寇不息，上书灵帝，建议改刺史为州牧，以重其职。灵帝为镇压此起彼伏的农民起义，遂从刘焉之议，改刺史为州牧，并选派列卿、尚书出任州牧。于是，州牧成于居于郡之上和行政长官，握有一州行政大权，职位甚重。从此州牧各据一方，形同割据政权。这种状况最终演化成为汉末诸侯割据分争的局面。
借此机会，伊藤成使刺史张津代交趾官民上表灵帝，该地为州。在张让、赵忠的劝说下，灵帝从谏，改交趾为交州，任刺史张津续为州牧。
由此，交州提前十年出现在了汉朝的历史上。
4月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。
8月。汉廷在西园成立统帅部，组织起一支新军。新军统帅部共设八校尉：上军校尉宦官蹇硕、中军校尉袁绍、下军校尉鲍鸿、典军校尉曹操、助军左校尉赵融、助军右校尉冯芳、左校尉夏牟、右校尉淳于琼。其中上军校尉何进也要听蹇硕指挥。上军校尉蹇硕成为全国军队的最高统帅。
10月。青州、徐州黄巾军又起，攻略郡县。
同月。为定军心，刘宏在雒阳平乐观举行阅兵仪式，自称“无上将军”，骑马持剑检阅军队。
11月，汉廷派遣下军校尉鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾。双方大战于葛陂。鲍鸿军败。
同月，张纯又使乌桓峭王率步骑王万，入青州、冀州二地，攻破清河、平原等郡，声势甚盛。汉廷诏骑都尉公孙瓒率兵进讨。公孙瓒与张纯等战于石门。大破之。张纯等丢妻弃子，逾塞而逃，退至柳城。张纯之乱于是平定。
同年，巴郡黄巾军起，巴郡板楯蛮乘势再起，攻打郡县，抄略城邑。汉廷派遣西园上军别部司马赵瑾率军进讨，随即将板楯蛮平定。
189年2月，鲍鸿