而且还预告下一个目标，就是内阁大臣。
这让政府内部造成很大的震动，直属上司警察厅厅长，勒令“KI7”，在三天里，找出凶手。
而在这个时候，“KI7”突然发现，M身上的追踪信号，再次出现。
为了查明这个信号的来源，“KI7”派出了另外一个特工L，前去大阪，试图查明M的生死。
对于自己是特工的事实，让M不敢相信，于是，为了查明自己的身份，还有找回从前的记忆，M跟着L回到了“KI7”总部所在，东京。
回到“KI7”的M，虽然对一切都是有着莫名的熟悉感，但是，他还是一直有个疑问，那就是，他手臂内侧的那串数字，到底是代表了什么。
最后，他回到自己在东京的房子，从自己的书架上的书籍排列中，知道了，自己的手臂内侧的那串数字，是书籍的页数。
他在通过一阵解密后，在东京的一个地铁站的储物箱里，发现了一个档案袋。
在看完之后，M的脑海中，一些零碎的记忆碎片，不断地浮现；
档案袋里，放着一份隐藏在暗处的恐怖分子的名单，而名单中，出现了一个他很熟悉的人。
那就是“KI7”的科长，龙崎藏三！
这时，恢复了一部分记忆的M才知道，原来“KI7”的科长是恐怖组织“Shado”的人，也是知道了为什么，恐怖组织能够得到M的行踪，对他提前进行埋伏的原因。
也知道了，近来恐怖袭击屡屡得手，都是因为有龙崎藏三的通风报信，恐怖组织才能那么轻易地得手。
这个时候，M，一下子想起了，自己在被埋伏前，还没有来得及拿着这份名单，去找龙崎藏三，质问他的时候，就遭到了埋伏。
然而，知道自己身份暴露了的龙崎藏三，于是就把M的行踪，通知了恐怖组织，想让他们杀掉M。
但是，龙崎藏三没有想到的是，M并没有死，只是失忆了而已，看着再次回归的M，龙崎藏三再次生起了杀掉M的念头。
科长龙崎藏三，派人捉住了日暮薰，想要利用M去杀掉内阁大臣，但是，M通过L的帮助，经过一连串的打斗，最终救出了日暮薰。
结尾，M拿着那份名单，引出科长龙崎藏三，随后两人在楼顶，进行了一场生死对决，M也杀死了科长。
最后，M把科长的通敌资料，留给了L，让他汇报上级。
而自己，就假死，和日暮薰回到了大阪