巫妖之战全面展开，巫妖两道才俊尽出，截阐两教精英也尽加入其中，让这场毁天灭地的大战充满了传奇色彩。而这场大战也端的是开天辟地，其中惨烈远远超过封神之战。此战中人类面临着灭顶之灾，山洪、海哮、龙卷风、地震等等灾难应接不暇，连天都矮了万丈，地都陷了千尺。无数天灵地气散发出去，使修真环境变得极为恶劣，而封神一战之后，又经过诸多毁天灭地的先天法宝的洗礼，使人间界更不适合修真，无数金仙离开人间界令辟仙府。此战也使得地壳不稳所以日后常有地震、海哮等诸多灾难发生。
原来，整个局都是由巫族布置好的，想来巫族十二祖巫同气连枝，这些巫族中人均是仗义的豪客，夸父身陨与东皇太一的护子自然彻底激怒了巫族中人，而共工与夸父更是兄弟情深。夸父身陨，共工自是恨极，便与其余祖巫联手设了局，发了这样一场大难，以慢妖族之心，后用自己的肉身与那夸父精血一举破了日炎烈阵，又由后羿用巫族密法炼治玄冰箭一举击杀了九只金乌。
本来此举只是为了报夸父之仇，却不想掀起了一场巫妖之战。而祝融的八景灯的五昧真火其实并没有灭，那八景灯虽不敌开天辟地的神器东皇钟，但也是仅次于东皇钟的尘器，巫妖一战若有八景灯在手，自是有那一战。
可惜，八景灯被老君盗走，巫族中人只能硬憾东皇钟，也间接导致了巫族的彻底败亡。但那祖巫何等憾勇？十大祖巫拼力围攻东皇太一有一柱香的时辰，东皇太一虽有东皇钟护住周身先就立于不败之地，却不想这些祖巫竟如此憾勇，竟用密法震破了东皇钟。导致了东皇太一身陨，东皇钟被震破，一分为二，钟顶落入洪荒不知所踪，只有钟身尚存。
但那八景灯有巫族密法，太上老君虽得其宝却也无法施法，只能是空有宝山，却不得其宝，将它当作照明之物。
而女娲为了天地不毁，人族不亡，不得已没有参战，而是炼就了五色神石补天，又斩却上古鳌龟四足，将青龙、白虎、朱雀、玄武四相封印在龟足之中立天。这一战导致了巫妖两族大伤元气，后女娲娘娘亲自出手，才将巫族彻底灭族。
十二大祖巫就此身陨，但十二大祖巫均有根脉遗落在世，只是道行却是远不及十二大祖巫了，所以不得不躲在蛮荒之地，以躲避那些道妖两派的仇家。而十二大祖巫虽然身陨，但他们的精脉不断，终可转世轮回，四大圣人（也便是太上老君、元始天尊、通天教主、女娲娘娘）为防巫族祸乱，故而并力出手留下揭语，若有祖巫转世阳寿不会超过八十。