君集听得高昌王来降，吩咐三军严其队伍，亲出辕门迎接。见高昌王拜伏帐下，君集扶起，引入军中谕之曰：“吾主宽仁爱下，但有来廷者，无不礼接。君今既降，吾当保奏天子，使尔永远为国主也。”智盛再三叩首谢罪。次日，君集大军入城，见其部落富实，众人各争取财物，君集不能禁止。副将薛万均亦私入高昌宫室。城中大乱三日，君集乃严下禁令：“再有窃盗民物者腰斩。”由是诸军始有约束，其乱方息。仍遣薛万均分兵招安其地。数日，来降者二十二城，得户口八千四十余。君集以高昌之地悉平，乃议班师。大军离了高昌，国王率部曲送出隘口而回。君集人马已近关中。次日早朝，见太宗奏知：“臣部三军，直抵沙漠，后主智盛，怀威感德纳降。致不动声势，已平定高昌。所属二十二城，乞陛下定夺。”太宗大悦，重赏侯君集等，与群臣商议，欲以高昌为州县。魏徵谏曰：“文泰有罪，故陛下发兵讨之。今罪人已死，其子又服，宜抚其百姓，存其社稷，复立其子，则威德被于遐荒，四夷皆悦服。若以为州县，当复遣兵镇守，劳费不赀，死亡相继，而陛下终不得高昌撮粟尺帛，以佐中国。所谓散有用以事无用也。”上曰：“吾以为州县，因彼土地人民，而资其用，何有不可？”遂不听徵谏，下诏以其地为西州，置安西都护府。每岁发兵千余人，戍守其地。谏议大夫褚遂良上疏谏曰：“陛下取高昌，调人屯戍，破产办装，死亡者众。设使张掖、酒泉有烽燧之警，陛下岂得高昌一夫斗粟之用？终当发陇右诸州兵食以赴之耳。然则河西者，中国之心腹，高昌者，他人之手足。奈何糜弊本根，以事无用之土乎？愿择高昌子弟，使君其国，求为藩辅，内安外宁，不亦善乎？”上弗听。
是时侯君集因破高昌，私其珍宝，将士争为窃盗，被有司劾奏。诏下君集等于狱治罪。中书舍人岑文本谏曰：“命将出师，主为克敌。苟能克敌，虽贪可赏。若其败绩，虽廉可诛。是以黄石公曰：‘使智，使勇，使贪，使愚。’故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者急趣其利，愚者不计其死。今君集等虽有罪过，愿录其微劳，而赦宥之，则虽屈法，而陛下之德弥显矣。”上曰：“君集以主将得罪，在不赦论。卿奏其有平高昌之功，朕当释之。止有薛万均破高昌之时，私人妇女，须付大理寺，与妇女对辨，审的实治罪。”魏徵谏曰：“臣闻君使臣以礼，臣事君以忠。今遣大将军而与亡国妇女对辨。使事实，则所得者轻；事妄，则所失者重。”上曰：“卿之言是也。”遽释之。
贞观十五年夏五月，太宗遣方郎中陈