“妹妹们呢？现在都还好吧？”
“......由于前段时间不小心被我毁了不少研究机构...为了不引起公众恐慌...现在，她们都藏在那些地方。而且，她们的健康状况非常不好，那些研究机构残留下来的装置也可以对她们的身体进行逐步调整。”
以治疗肌肉萎缩为名，由幼年的御坂美琴提供dna图谱发端，在“量产型能力者计划”中，大量的复制人被制造出来。在使用了zid-02、riz-13、hel-03等药物，十四天后就可以得到与超电磁炮相同的*。
最初的“妹妹们”有20002名，除检体番号1~20000号外，还有行踪不明、与“御坂网络”切断的0号和“妹妹们”的司令塔20001号的最后之作。其中，1-10031号共10031名“妹妹们”在“绝对能力者进化计划”的实验中被一方通行杀死。检体番号10032-20000号的“妹妹们”由获得加护的御坂美琴强势出手，实验终止得以存活。
是由于“妹妹们”的性能连其素体御坂美琴的百分之一都没有，“量产型能力者计划”被永久冻结。而后转作为“绝对能力者进化计划”的实验动物，在“量产型能力者计划”和“绝对能力进化实验”中有超过两万名“御坂妹妹”被制造出来。
即使在“绝对能力进化实验”*有10031名“妹妹”惨遭一方通行的虐杀。剩下的九千多名妹妹要如何去安置，也成了御坂美琴大为头疼的事情。
实际上，“妹妹们”是作为统括理事长亚雷斯塔营造“人工天界”的媒介。假借“绝对能力进化实验”失败而被送到世界各地，从而构建覆盖全球的aim网络，使原本只存在于学园都市内的虚数学区，扩张到全世界的范围，用以对抗魔法阵营。这个事情的真相御坂美琴也是知道的，所以她断然拒绝了学园都市的一切安排。
在这个学园都市中，御坂美琴信任的人没有能力。有能力的又无法信任。回想起回到自己的世界之前杨曦曾经对自己说过的话，于是便尝试着在这个无星之夜呼喊他的名字。
原本只是图个心理安慰。并没有当真的御坂美琴却不知道，杨曦真的因为她的呼唤出现了。
因为没想好该如何来面对他的御坂美琴情急之下，慌慌张张的随便找了个理由逃掉了，于是。这才又杨曦之后被亚雷斯塔派人找到，成为御坂美琴的班主任这件事。
而且，妹妹们的问题并不只是安置，在实验终止后，为了克服使用药物强行加