人通过联姻入主了克里特，形成文明演变的一种和平过渡。但也有学者认为是地震或迈锡尼人的入侵结束了这段辉煌的历史。总之，落后的迈锡尼人未能再现米诺斯文明的辉煌，只是迎来了属于自己的迈锡尼文明。当年，克里特人在书写方面主要使用古希腊的A类线形文字，该文字至今尚未被译解。
在希腊大陆入侵之后，大多数城镇都被毁坏或者荒弃，特别是克里特东部。原先的居民都移居到西部，而入侵者却逐渐在此居住下来，在老居住地上建他们新的住所，或者建立新的殖民地。建筑、制陶、冶金、装饰艺术继续在岛上发展，但是只是重复以前的而并没有创新，与早期的多样性有着鲜明的对比。这个时期的最后几年是一个大颓废时期，原因是带来自己本土文化与习俗的希腊大陆人民的继续殖民统治。由于来自伯罗奔尼撒半岛的多里安人的入侵，大多数古老的城市被毁，大部分人移居到难以靠近的山上避难，从而切断与外界的联系。
因为多里安人的移入，岛上人口增加，特别是在克里特的西部。一些新的城镇建立起来，在其它的一些地方人口也有所增加，比如：埃利弗瑟娜和多尼雅即哈尼雅。
后来，希腊得到发展但克里特却因为各城镇之间的互相对抗而并没有得到发展。岛上人口增加。起初，罗马在与克里特的战争中失败，但两年以后罗马带着更多的陆军与海军再次进攻克里特。经过三年的对抗，克里特落入罗马之手。罗马人终于达到征服著名的宙斯诞生地的愿望。
在罗马帝国统治下的和平时期克里特繁荣昌盛，后来基督教进入克里特，第一个基督教教堂在克里特建立后，提托任主教。
824年，克里特成为阿拉伯人的俘虏。阿拉伯人掠夺克里特岛，毁坏城镇，把每一个教堂烧成灰烬，使尽各种残暴手段对付希腊人民。为了阻止拜占廷人的远征，他们建立自己的首都，也是今天的城市伊拉克利翁。
克里特，因为其地理位置而变成东地中海地区奴隶交易的首都，也因为其地理位置而不断遭受到拜占廷帝国的威胁。通过一次又一次不成功的远征，东罗马帝国终于在961年夺回克里特岛，他们推翻城墙，以免不被新海盗所用，通过不同方式复兴各种基督教团体。12世纪末期，从君士坦丁堡迁入新的居民，以12位贵族为首，从而建立了新的克里特贵族政府。十字军在第四次东征中洗劫了君士坦丁堡，从此拜占廷帝国四分五裂。克里特被给了一个贵族，他在1204年又转手把它卖给了威尼斯。威尼斯人在岛上多处建立城堡