《灵枢》一名，始见于王冰《素问》序及王冰的《素问》注语中。王冰在注《素问》时，曾两次引用“经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络”这句话，在《三部九候论》中引用时称“《灵枢》曰”，在《调经论》中引用时又称“《针经》曰”，可知《灵枢》即《针经》。而其他《素问》注中所引《针经》，皆为《灵枢》之文，则更证明了这一点。
《灵枢》名称的演变大略如此，而其命名之义则需具体分析。马翃和张介宾认为是因为枢机之玄奥。《灵枢》主要研究的是针刺问题，故称《针经》；因其卷帙为九卷，故名曰《九卷》，并因此而有《九灵》、《九虚》等名。
至于《灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后都亡佚了。宋代林亿、高保衡等人校正医书时也因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是存世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，所以最终都成了二十四卷。
元代胡氏“古林书堂”刊本将《灵枢》并为十二卷，也是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明刊《道藏》本之《灵枢》只有二十三卷而不是五十卷，则是因为《灵枢》较《素问》文字量少的缘故。
总之，王冰次注的二十四卷本《素问》是现存最早、又经北宋校正医书局校正的版本。
史崧改编的二十四卷本《灵枢》是现存最早和唯一行世的版本。
黄帝内经》分为《素问》和《灵枢》两部分。
《素问》重点论述了脏腑、经络、病因、病机、病证、诊法、治疗原则以及针灸等内容。
《灵枢》是《素问》不可分割的姊妹篇，内容与之大体相同。除了论述脏腑功能、病因、病机之外，还重点阐述了经络腧穴，针具、刺法及治疗原则等。
素问目录
南朝·全元起篇
卷一，平人气象论第一，决死生篇第二，脏气法时论第三，宣明五气篇第四，经合论第五，调经论第六，四时刺逆从论第七，凡七篇。
卷二，移精变气论第八，玉版论要篇第九，诊要经终论第十，八正神明论第十一，真邪论第十二，标本病传论第十三，皮部论第十四，气穴论第十五，气府论第十六，骨空论第十七，缪刺论第十八，凡十一篇。