天启皇帝朱由校随即批令各部：“如议，著实遵守，如或仍前怠玩，视为虚者，听言官指名参劾。”
对丁绍轼的疏奏，首辅顾秉谦认为是挟皇帝令诸臣，颇为不悦。
这时期朝中有人倡议至浙江云雾山采伐大木，用作修葺宫殿，绍轼又上疏劝阻，停止采伐。
御史赵允昌弹劾绍轼，绍轼上疏求退。
熹宗认为绍轼心直口快，婉言挽留，绍轼再辞、三辞，帝仍不准。
这时又有御史吴裕中弹劾绍轼为大奸，恶语极致。
魏忠贤察言观色，见熹宗欣赏绍轼，以吴裕中报复绍轼之由，罢了吴裕中官职，廷杖一百。
绍轼闻知此事，立即上疏为吴求救，疏上，吴裕中已被杖死。
绍轼认为吴裕中死得冤屈，但碍于魏忠贤的淫威，深觉愧疚，而又有口难言。
礼部侍郎冯铨欲追论前朝三大疑案，一是“移宫案”，泰昌元年光宗死，熹宗朱由校当立。抚养他的李选侍与心腹魏忠贤，想利用熹宗年幼的机会，把持政权，据乾清宫。朝臣杨涟、左光斗等不让她与熹宗同居一宫，迫使其迁至哕鸾宫，然后引太子还乾清宫举行即位仪式。
二是“梃击案”，万历四十三年手执枣木棍，闯入光宗朱常洛住的慈庆宫，打伤几个守门太监。被执后供系郑贵妃手下太监庞保、刘成引进。时人怀疑郑贵妃欲谋杀太子。神宗与太子不愿追究，以疯癫奸徒罪杀张差于市，并毙庞保、刘成于内廷了案。
三是“红丸案”，泰昌元年光宗即位后沉湎酒色，不久病重。司礼监秉笔兼掌御药房太监崔文昇下泻药，病益重。鸿卢寺丞李可灼连进红丸，自称仙方，光宗服药后即死去。
当时有人疑是神宗宠妃郑贵妃指使下的毒，引来许多争议。
结果崔文昇遣南京，李可灼遣戍。魏忠贤专权时翻案，免李可灼遣戍，擢崔文昇总督漕运。
诸多朝臣不满魏忠贤妄为，要将三案主要责任的姓名勒于碑上，永远不能翻案。
绍轼担心此事引起诸多朝臣惊恐，极力劝阻不可妄行，使此建议未能实施。
满洲兵侵犯山海关，关门兵少饷浮，熹宗准备下旨遣内臣坐镇指挥，新设一管理机构，负责清兵清饷。
绍轼与诸阁臣以为不妥，同上密揭，述其理由有四。
其一，考察古今，揣度利害，遣内臣坐镇边关一线几乎没有成功者，反而多出祸乱。因为内臣是皇上近臣，代表皇帝说话，一言一行，前方将吏