万历二十三年，冯铨出生于顺天府涿州。
万历四十一年，冯铨中进士，时年十九岁，入选翰林院庶吉士，万历四十四年授翰林院检讨。
他与其父冯盛明同朝为官，人称“小冯”或“小冯翰林”。
天启元年，在河南左布政任上的冯盛明由于在后金入侵辽沈之时擅自离任，被河南巡抚张我续弹劾治罪，冯铨上书为父伸冤，称其父乞休在未闻辽警之前，冯盛明遂被判处杖罢，冯铨也随父回籍。
天启四年，魏忠贤到涿州进香，冯铨跪于道旁，哭诉其父被弹劾丢官的经过。当时魏忠贤正在搜罗党羽，随即命冯铨仍以原官起用。从此，他对魏忠贤感恩戴德。
在东林党与阉党斗争最激烈之时，他纵横其间，排击东林党人及其他朝臣。
杨涟上疏举劫魏忠贤二十四大罪状，魏忠贤对他恨之入骨，想到联系外廷的大臣来帮助。
冯铨致书魏忠贤之侄魏良卿，转告魏忠贤在外廷的力量可以保证，并教唆魏忠贤“行廷杖，兴大狱”以立威。
天启五年七月，冯铨以谕德兼检讨升少詹事，补经筵讲官。当时有绣像《辽东传》刊行，第四十八回专讲冯盛明父子奔逃之事，冯铨怀恨在心，借机谎称此书为熊廷弼夸功而撰写，于明熹宗举行经筵之际呈上，对熊廷弼栽赃诬陷。
这既符合魏忠贤株连东林党人的企图，又发泄其对熊廷弼之私恨。
魏忠贤对冯铨非常器重，便向明熹宗讲述甘罗十二岁拜相之故事，以堵住别人的嘴，免得别人说冯铨过于年轻，不够资格入阁，授冯铨官职。
于是擢冯铨入阁，任礼部右侍郎兼东阁大学士，后又升礼部尚书兼文渊阁大学士。
短短一年中，年方三十的冯铨即升为朝廷辅臣，成为阉党中炙手可热的人物，被称为“黑头爰立”、“黑头相公”。
在原本的历史中。
顺治元年五月，清军入关，清朝摄政王多尔衮以书信召冯铨入朝，他接到书信就马上赶到。
多尔衮赐以朝服衣帽及鞍马、银币，命他仍以原衔，进入内三院佐理机务。事隔半月，冯铨等率文武群臣于武英殿向多尔衮上表称贺。他同其他汉官一样，揣测执政者的心意，来迎合多尔衮。
顺治二年六月三日，多尔衮命抚按查明并赡养明代诸王的遗腹子，冯铨等赶忙叩头谢恩，多尔衮说他们不忘旧主，冯铨答曰：“一心可以效忠两位君主，但是对一位君主不能二心啊！”
以明其仕清忠