中将要求镇压这次“政变”。后虽开除所有涉案学生（包括间谍学生）但查明“政变”为辻政信一手策划。辻政信虽将皇道派势力清除出陆士，但自己也得到停职一个月的处分，接着在1935年4月被赶出陆军中央，发配到驻水户的步兵第二联队。是为辻政信第一个事业低谷。
在陆士栽赃陷害事发后，辻政信被发配到第二联队。此后一年都在连队长横山勇大佐的安排下负责给青年军官进行战术教育。后来去九州的久留米找了第二十四旅团长东条英机，但就东条也帮不上忙，因为东条当时也都要发配到满洲去当宪兵司令了。
不到一年，1936年2月26日，陆军皇道派下级军官带领1400多名士兵发动政变，包围了首相官邸，国会议事堂，陆军省，参谋本部和警视厅。杀死了内大臣斋藤实，大藏大臣高桥是清，陆军教育总监渡边锭太郎大将。是为二二六事件。在昭和天皇的坚持下，政变被迅速镇压了下去，同时统制派开始了对皇道派的大扫荡，叫做“肃军”运动。当时任关东军宪兵司令的东条英机，一得知“二二六”事件的消息，立即出动宪兵抓了一千多人，把在满洲的皇道派人物几乎一扫而空。
1936年4月辻政信被关东军第三课主任参谋花谷正少佐调往关东军兵站课补缺。辻政信花了一个月才看完“满洲事变”的有关资料，深深被石原莞尔的“下克上”精神所征服，发出了这种感叹：“先觉的导师（指石原莞尔）对物体的观察方法，对中国，满洲，东亚的思维方式，使我从权益思想到道义思想来了个180度的大转弯，见识的的不同，就有这么可怕的力量”。从此以石原莞尔为偶像，以“大亚细亚主义”为终身信仰。而这个信仰也成为了他日后策划马来战争和战后失踪的重要原因之一。
1937年6月3日，在辻政信的主张下关东军为在1928年6月4日凌晨的皇姑屯事件中被当时的关东军高级参谋河本大作大佐密谋炸死的张作霖下葬，花费十万大洋.后来做过“满洲国”经济大臣的韩云阶就半分吹捧，半分佩服地对辻政信说：“辻参谋真行，用十万大洋就做到了关东军花了上亿大洋的宣传费都没有做到的事，一扫了9.18以后的沉闷空气”。
1937年9月在辻政信的多方奔走下，占地20万平方米的“满洲建国大学”在“新京”（今长春）南郊的欢喜岭成立。同时辻政信在满洲的‘剿匪‘工作也十分出色，成功地招降了有5千多人的吕绍抗日武装。
1937年7月7日，震惊中外的卢沟桥事件爆发。日