在欧洲赛场上，穆里尼奥的球队在16强淘汰赛中就以2:3的比分不敌老对手巴塞罗那。而在欧洲赛场上的早早失利也促使了穆里尼奥决定在下一个转会窗口有所作为。
与此同时，俱乐部的体育总监弗兰克-阿内森与穆里尼奥的权力之争也影响到了球队。与“乌克兰核弹头”舍普琴科的签约更是使得穆里尼奥与阿布之间的关系变得微妙了许多。
在ac米兰还是欧陆顶尖前锋的舍普琴科在来到切尔西之后的一个赛季里只打进了4粒进球，而穆里尼奥的爱将德罗巴则是在源源不断地在进球，这也使得首发位置变得毫无悬念，这也让舍普琴科的支持者阿布拉希莫维奇有些不满意。
抛开球队高层间的矛盾不说，切尔西在国内赛场还是取得了不错的成绩，蓝军在联赛杯的决赛中战胜了阿森纳，如愿地捧起了冠军奖杯。
切尔西也在足总杯赛场完成了对曼联的复仇，但是穆里尼奥的球队在欧洲赛场还是因为输给了利物浦而再次止步于欧冠四强。而穆里尼奥在切尔西获得的第一个足总杯的冠军也是他在第一次蓝军生涯中获得的最后一个冠军头衔。
2007年9月20日，由于在联赛的开局阶段就有着糟糕的战绩，切尔西高层紧急召开了会议并很快地宣布了解雇穆里尼奥的决定，“特殊的一个”就这么不体面地离开了蓝桥，这件事在当时的足球世界里也成为了极富议论性的话题。媒体们还曾试图深挖阿布拉希莫维奇、穆里尼奥以及体育总监弗兰克-阿内森之间的关系来解释这次事件。
来的时候是“特殊的一个”，走的时候穆里尼奥已经成为了斯坦福桥的传奇人物之一。在这支伦敦球会的三年时间里，他帮助球队收获了六座奖杯，其中包括了两座意义非凡的联赛冠军奖杯。
此后，穆里尼奥在国际米兰也取得了举世瞩目的成绩，他帮助蓝黑军团时隔多年再次夺取大耳朵杯，他也因为其超凡的人格魅力而令皇马主席弗洛伦蒂诺心动不已。在西班牙度过了一段“酸甜苦辣”的时期之后，穆里尼奥以“幸福的一个”的身份重新接手切尔西主教练一职，狂人也就此开启了他的第二段蓝桥生涯。
2013年6月3日，穆里尼奥高调地回到了英格兰，回到了伦敦，回到了舰队街的那些“长枪短炮”面前。穆里尼奥表示：“在我的职业生涯之中，有两支球队让我感受到了伟大的热情，一支是切尔西另一支是国际米兰，而我对切尔西的感情要比对国际米兰的感情更深一些。
我觉得第二次来到这里对我