顾秉谦也说没有圣旨私自离开防守的地方，不合法度。于是朱由校连夜召见兵部尚书，派三人骑快马阻止孙承宗。
魏忠贤又假传圣旨给九门的宦官，若孙承宗到了齐化门，就将他绑了。
孙承宗到达通州后，接到朱由校的旨意，只好返回辽东。魏忠贤又让党羽李蕃、崔呈秀、徐大化上书诋毁孙承宗，孙承宗于是请求罢官。
只不过天启皇帝没允许，魏忠贤的策略没有奏效，但是孙承宗在辽东，魏忠贤就在天启皇帝身边，加上天启皇帝的身体状况堪忧，魏忠贤能够做很多的手脚。
天启五年，马世龙误信降人降将刘伯漒，派鲁之甲、李承先袭取耀州，中计身死，损失四百余人。
于是魏忠贤党羽趁机弹劾马世龙和孙承宗，孙承宗于是强烈请求辞官，十月，天启皇帝同意孙承宗辞官，并给孙承宗加特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。
在崇祯皇帝看来，孙承宗当时辞官，只不过为了表明自己的态度。
魏忠贤却鼓动天启皇帝答应了下来，让孙承宗结束了四年的督师生涯。要知道当时孙承宗已经准备出师平辽了，宁远城修复，关外的守备器械也已建造完毕。
孙承宗上书朱由校请求发军饷二十四万，这样就可以大举进攻了，但兵部和工部却横加阻挠，向朱由校进谗不能给钱，孙承宗上书催促无果，孙承宗大军因此没有出征。
这里面充满了魏忠贤的影子，他担心，他害怕，一旦孙承宗平定了辽东，朝堂之上还有谁能够和孙承宗争权？孙承宗也一定是誉满天下，魏忠贤怎么敢让孙承宗平辽。
这样的情况下，魏忠贤想尽各种办法将孙承宗调离辽东。
其实孙承宗索要不过二十四万军饷，朝廷怎么可能拿不出来？
因为这件事情，孙承宗怕也是心灰意冷，这才动了辞官的念头，或者说用辞官来做最后一搏，只不过这最后一搏失败了。
东林党曾经也想托庇于孙承宗旗下，只不过孙承宗并不擅长党争和争权夺利，当然也有魏忠贤篡权的原因，孙承宗只能在自己最想施展抱负的时候，黯然收场，最后悲壮的战死。
虽然崇祯皇度软禁了魏忠贤，没有杀他，可是崇祯皇帝也知道，魏忠贤做了些事情，但是坏事也没少做。
或者说这就是当时党争的环境，党争高于一切，非彼即此，至于国家兴亡，百姓死活，全都不在考虑的范围之内。朝堂上就是你争我夺，