除了与明王朝驻扎川陕的军队以及残余势力斡旋，还要随时面对蜀地官僚地主武装的袭击。
关键是，更强大的敌人来了：清王朝已经崛起，清军入关南下，剑指川陕。
清顺治三年初，国祚初定的清廷派出肃亲王豪格为靖远大将军，和吴三桂等统率满汉大军，全力向张献忠大西农民军扑来。
但张献忠还有更紧迫的敌人——当时，明朝残余势力及蜀中官僚地主武装份子的代表人物——杨展领兵复夺川南州县，率师北指，
随后与张献忠的部队激战于彭山的江口，张献忠大败，退回成都，杨展由南面逼向成都。
这些明朝残余军政势力以及蜀中地主武装给了张献忠大西政权致命的打击、耗尽了大西农民军的最后一丝气数。
这一年七月，为保存实力，同时北上陕西抗击清军，张献忠决定放弃成都。并“尽杀其妻妾，一子尚幼，亦扑杀之”。
此时的张献忠已经有了联明抗清的决心，九月，张献忠率部离开成都，准备北上迎击清军。十一月，张献忠大军扎营于西充凤凰山。
清顺治三年（1646年）十一月二十六日，清军统帅豪格派护军统领鳌拜等将领，分率八旗护军轻装疾进川西北，对张献忠余部发起突袭。
在西充凤凰山一带，张献忠率农民军与清军展开了激烈的交战，最终中箭身亡，时年仅四十岁。
《清史稿》记载：张献忠已死，其部众“以锦褥裹尸，埋于僻处，而遁”，清军挖坟掘墓，“求得发而斩之，枭其首于成都”。
张献忠死后，他的部将孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇、冯双礼等率领农民军继续向南转战，
后与南明联合，转战在西南各省的广大地区，共同抗击清军，坚持了近二十年，直到清朝的康熙初年。
张献忠自陕西起义，历时十六年，转战湖广蜀地，于成都称帝，所过之处，如蝗虫过境，焚掠抢烧，无所不用其极，
每占领一座城，必要搜刮当地所有官府和官僚地主乡绅的财产，将万千金银财宝纳入自己帐下。
定都成都后，张献忠到底搜刮了多少金银财宝？
根据原清史纂修领导小组办公室研究的结论：
“张献忠曾在成都举办斗宝大会，得意洋洋地炫耀自己的富有：24间屋子摆满奇珍异宝、金锭银锭，令人目不暇接、瞠目结舌。
有历史学家粗略估算了一下，张献忠至少拥有千万两白银。按明末一两白银折合购