欧洲公司确认了埃及对地中海的野心，阿里与奥斯曼帝国达成协议，帮忙镇压希腊人。
欧洲公司开始跟阿里王朝交涉，希望获得在克里特岛的贸易特权，在哪里建立一个商业基地，为此可以向阿里提供军事援助。
但阿里并不愿意欧洲公司脱离埃及的控制，所以阿里拒绝了，并且要求欧洲公司保持中立，以取消欧洲公司对运河的管理权作为威胁。
一个强大帝国的商业、军事和政治特权公司，是不肯受这种威胁的，他们感觉越来越强大的埃及，已经是一个巨大的威胁。
因此不顾阿里的警告，他们开始暗中跟希腊人沟通，向希腊出口了大量的武器装备。反正运河在他们手里，阿里王朝一直没有进行监督，他们想运输什么物资，埃及人也不知道。
希腊人此时也在自救，面对凶残的奥斯曼軍队，他们的抵抗越来越激烈。而且主力并不是起义的正规军，而是当地农民组成的反抗军。原因是奥斯曼帝国的军纪太差，軍队在奥斯曼早就不受控制，反而频频敢于政治。
奥斯曼軍队攻入开俄斯岛，当地军民一共10万人，一次就被奥斯曼军队血洗2.3万人，4.7万人被卖为奴隶。这种无可幸免的恐惧，让更多的希腊人被迫反抗，在这么多有利的条件下，希腊人也真是一个付不起的阿斗，他们境内内讧了。
軍队总司令跟政府发生了矛盾，政府宣布解除軍队总司令的职务，总司令宣布不承认国民议会的合法性，另立军政府。两个希腊政府各自拥兵自重，一方是从国外进入希腊的西方派总司令派，一方是本土在奥斯曼统治时期成长起来的封建军阀，双方发生了内战，在希腊独立区域伯罗奔尼撒半岛开战，战争的结果是本土派取得了胜利，但军事势力大受打击，此时埃及海陆军从伯罗奔尼撒半岛南方登陆，开始帮助奥斯曼帝国镇压希腊起义。
希腊軍队根本就不是正处于最强盛时期的埃及軍队，节节败退，很快整个希腊几乎都被埃及控制。
英法奥联军和奥斯曼帝国軍队结盟正向俄军发起猛攻，此时英法无法坐视希腊被镇压，向奥斯曼帝国提出交涉，要求他们许可希腊自治，但依然保留对奥斯曼帝国的从属关系，向奥斯曼帝国缴纳年贡。
奥斯曼帝国则不想看到埃及在欧洲的扩张，跟阿里王朝的矛盾开始变大，加上有俄国这个死敌作为共同目标，奥斯曼帝国同意了英法的调停，并且正式跟英法奥结成同盟，规定在结束战争之前，任何一方都不与俄国单独媾和，这才是真正的克