这种简单粗暴的收税方法当然会有弊端，而且已经暴露了出来，那就是大小船只一体纳税，大船就比小船划算，所以目前驶入各大港口的，基本都是大船，小船、渔船，根本就不敢进港停靠，宁肯在附近外海进行海上交易，也不愿意到港口贸易，因为进去交一次进出港税后，小商船就可能亏损了。
但从效率的角度来讲，这种征税方式，何尝不是把资源留给了最有竞争力的使用者呢，大海船更有实力承担进出港税，才得到了港口的使用权力，小船无力承担，就只能把这些资源拱手让出来。
固定商铺税的征收还没出现弊端，但可以想象肯定会出现一些弊端，比如因为同样长度的商铺门脸，就缴纳同样的税额，所以商家更愿意做利润最丰厚的生意，导致那些薄利、微利的行业无法维持。久而久之，最优质的商业地段，就会把低利润的行当赶出去。最优质的商业资源，会配置给最优质的行业。
周琅想过这个问题，所以他当初跟荷兰人进行创制税制讨论的时候，并没有说不会开征交易税之类的税种，只是告诉他们暂时没有条件开设。那些分门别类的交易税，其实就是一种商业之外的调配手段。比如对高收入行业，征收较高的交易税，低收入行业，征收交底的交易税，这样调整之后，利润率不同的行业，才有可能位于同一个商圈。
这虽然不符合效率之上的商业配制法则，可在其他方面却有相当大的意义。比如有一些利润很低，但却离不开的行当，一条街上总得需要饭馆、理发店之类的低利润服务行业，如果不用税率调整，那么昂贵的商圈中，就会充满高效率金融业，饭馆、理发店之类方便民生的行业，只能被挤进犄角旮旯里去，效率是出来了，人却活的不太舒服。
不过这都是以后要考虑的问题，周琅现在还没有足够的人才储备去执行这些事，已经培养出来的税官们，最多做到基于简单税制的基础上，覆盖福建所有州县。
于是在嘉庆元年清明时节（1796年），周琅强力推动的商税制度在福建全省铺开，也包括周琅控制的台湾的凤山县，从建制上来讲，凤山县就属于福建管辖。
对周琅强行通过的征税方案，王辅茞是不满意的，但他确实无法阻挡。为此他是很不满的，但他这个人很有意思，有的清高文人，对自己服务的君主或者幕主不满，有时候是会甩袖子不告而别的，可王辅茞却是不满之后，马上去做自己的工作了。
这种态度让周琅很满意，这说明在此人的认识中，是将他现在做的事情，当