9月14日，夜幕渐渐降临。
带有消毒水味道的病房中，一位栗发少女从床上跳了起来。她穿着素色的病服，身上唯一的装饰是胸前别着的蛙太徽章。她长得很像常盘台的电磁炮公主，却有点不同，少女茶色的瞳孔没有焦点，表情冷漠而又机械。
她是利用美琴的基因所创造出来的复制人，编号为九九八二号，通称御坂妹妹。但是在某个事件后，姐姐大人给她起了一个名字，御坂美绪。
为了治疗那次事件中受伤的身体，御坂美绪住进这间医院里，其它妹妹们则绝大部分都被送往学园都市外的机构。
可即便分开，每时每刻都有声音、感情及影像都在涌入她的脑海，这些信息来自送往世界各地友好组织接受治疗的妹妹们。她们利用链结脑波所构成的网路，能够在一瞬间获得来自全世界10019处的情报。
平日收到的情报大多是，‘窗户外面有一只可爱的小花猫经过，御坂15026号按耐着跑出去的心情报告。’‘御坂今天欣赏到了北地的白雪，御坂19956以炫耀的态度报告。’等等无关痛痒的信息。
可如今，位于世界各地的妹妹们所提供的情报，加上统筹、管理所有妹妹们的编号20001号‘最终信号’所做出的结论，却令美绪感到心焦如焚。——有人正在找寻树状图设计者的遗骸，并准备回收利用。如果他们的计划成功，那么那场‘绝对能力者实验’必定会重新开始！
可明明清楚事态的紧迫性，美绪及其它妹妹们却是束手无策。留在学园都市里的妹妹们，包含御坂美绪在内，只有不到十名。
而且大部分的妹妹们，都因过度的基因操作及加速成长的副作用而大受困扰，正在接受治疗，根本无法处理这样的紧急状况，更遑论可能发生的战斗行为。
这种时候，御坂9982不禁想起了一个人。
如果是那个人的话，一定会微笑着，用温暖的手抚摸着她的头发，倾听她的困难，然后挺身而出，将那些不法之徒毫不留情地击溃。
明明极不愿意把她牵连进来，但是御坂妹妹却无法停止住心中的这个念头。
不过摆在御坂妹妹面前的还有一个重大的问题，她只知道那个人所在的学校，却不懂她现在居于何处。
御坂美绪表面没有任何动摇，内心却有些焦急，她脚步虚浮地走到窗边，恰巧望到窗外一个朝思暮想的身影正急匆匆地跑进医院。
‘御坂抑制不住内心的兴奋，向其他妹妹提出报告