为了在台湾农民身上榨取更多的油水，儿玉源太郎又颁布了《台湾地籍规则》、《土地调查规则》，并组织大批人马对全台土地重新进行丈量。
通过这次丈量，台湾耕地面积比原来多了一倍，日本对台湾的土地税收入也因此翻番。
最令日本当局满意的是，儿玉源太郎在台湾疯狂地掠夺各种资源、物资，使日本大获其利。
那时，食糖是十分紧俏的物资，价格有时会一日数涨，台湾的土壤和气候很适合种植甘蔗，儿玉源太郎便强迫台湾农民种植甘蔗。
每年甘蔗丰收后，日本殖民官吏指挥蔗农将其制成粗糖，再用低价全部收购，然后运往日本进行细加工，使糖的价格成倍增长。
台湾粗糖源源不断地运往日本，既让日本当局赚了大钱，又解决了日本国内许多失业人员的就业问题。
儿玉源太郎在台湾推行的一系列殖民政策，使日本当局尝到了甜头，再也没有人提起要将台湾卖给他国的事了。
儿玉在台湾任期长达8年多，几乎是历任总督中最长的。
1904年日俄战争爆发后，儿玉源太郎虽仍兼任台湾总督，但已回军部任职，与他同时上任的民政长官后藤新平成为台湾实际的统治者。
日本政界评价儿玉后藤开创了一个时代，奠定了台湾殖民统治的基础。
1903年9月，日俄矛盾日益加深，时任参谋次长的田村怡与造少将（因用兵谨慎，被称为武田信玄再世，和用兵大胆，号称上杉谦信的小川又次中将并称）病死，已经擢升日本内务大臣的儿玉源太郎屈就参谋次长，开始全面策划对俄作战部署。
日俄战争爆发后，晋升陆军大将，担任日本满洲军总司令大山岩元帅的参谋长。
1904年7月14日，随日军侵入中国。
此后，日本在中国的军机事务，均由其出谋策划，亲自裁决。
日军进攻旅顺期间，对旅顺战况时刻关注，先后两次亲到旅顺视察战况和督战。8月19日，日军对旅顺发起总攻后，进攻受阻，损失惨重。9月15日，儿玉源太郎由辽阳赶至旅顺，命令乃木改变原来的战术，重点主攻203高地，10月5日返回辽阳，然而旅顺仍然久攻不克。
同年12月1日，儿玉源太郎带着大山岩元帅的手令由辽阳赶至旅顺，命令乃木希典交出指挥权，由他亲自指挥。
纵观乃木集中军力重点进攻203高地，但俄军也抽调了预备队集中军力重点反击和