长州毛利藩为首的倒幕各藩藩兵，假如萨长联盟与明治政府的利益点不合，政府将无兵可依，势必垮台。
其次，明治政府在财政上仅能征收和调配全国资源的30-40%，却要负担作为中央政府的全部支出，因而捉襟见肘，支付能力十分脆弱。且此时日本仍在欧美列强的干涉和不平等条约压迫下，明治政府继承了幕府的对外债务和各项赔款，无疑进一步加重了财政负担。
第三，维新之后，日本整体政治气氛仍然停留于幕府时期，只不过效忠对象由幕府转为天皇政府而已。且各藩以维新功臣自居，在新政府中争权夺利。
穷则思变。新政府中以“明治三杰”之一的木户孝允为首的开明派认识到：欲在内消除割据分裂的隐患，对外摆脱列强压迫的危机，必须构建与幕府时代不同，能“与万国相对峙”的新日本，对于这个新日本的构架，后来担任首相的伊藤博文明确指出：必须建立绝对主义的中央集权体制，“一切政令法度皆出自朝廷”，而其关键在于废除各藩，清除构成“小权”的基础。
至此，维新派对症下药，连出三招：
第一招，版籍奉还。将旧藩主对原有领地和农民的世袭统治权收回，这样就剥离了各地方大名对人口和土地的控制权，消除了地方割据的经济基础；
第二招，废藩置县。明治政府把各藩大名集中到东京居住，地方行政由中央政府任命的府县知事管理，这样就彻底地剥夺旧势力的政治权力；
第三招，颁布《废刀令》《征兵公告》和秩禄处分。这一招破除了旧武士在经济、军事以及社会地位上的特权，有力地打破了幕府时代的旧秩序，为新的社会秩序形成奠定了基础。
这三招不可谓不狠，打得旧势力连连吐血。从衣食住行，到地位面子，给你来个一撸到底。虽然明治政府给了旧藩主和旧武士一定的赎买金，但是长期如寄生虫般生活的士族阶层既鄙视亲力亲为的农业劳动和商业买卖，又毫无一技之长；不少投资做生意的武士更是亏了本。马克思说过：“社会的变革总是以牺牲部分社会成员的利益为代价。”而在明治政府的新政下，被新时代牺牲掉的旧社会特权阶级如同从天上掉入地狱，生活境遇和社会地位的转变，让他们觉得自己成了被抛弃的一群人。就这样，伴随着明治维新改革的深入，明治时代的危机也开始积累。
与此同时，明治政府在对外事务上也出现了不和谐的声音。作为一个资源匮乏的岛国，日本明治政府从立国之初，就确立了对外扩张的基本国策。