不断窜扰中国西部边境，董福祥率军驻守喀什噶尔，屡歼入侵之敌。
光绪四年（1878年）1月，新疆除伊犁外，宣告占领全境。董福祥自此名震新疆，被叙为战功第一，加封云骑尉世职，任阿克苏总兵，赐号阿尔杭阿巴图鲁。
光绪五年（1879年），布鲁特酋阿布都勒哈反叛，董福祥在两日一夜之内，率部急驰300余里，在木吉击溃叛军，歼敌2000余人。
光绪十六年（1890年），擢为喀什噶尔提督，总统南疆军事，光绪十七年（1891年）调任乌鲁木齐提督。
董福祥在新疆驻守19年，御敌戍边，兴修水利，开垦屯田，整修道路，政绩卓著，赢得朝野赞誉。
光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发，董福祥晋尚书衔，奉旨率甘军入卫京师，屯驻蓟州一带，受到慈禧的接见和赏识。
光绪二十一年（1895年），甘肃河州、湟中等地又爆发回族和撒拉族的农民起义，董福祥被任命为甘肃提督，率部进剿，平定匪乱后加封为太子少保，赏赐骑都尉世职。
光绪二十三年（1897年），董福祥奉命率甘军进京。戊戌政变后，董军被编入武卫军，成为北洋三军之一。董福祥任武卫军统领，驻防直隶、山西。
光绪二十五年（1899年），董福祥复任甘肃提督。
当时京津一带爆发了规模很大的义和团运动，清军中一些将领和义和团的关系很密切，董福祥就是其中之一。
光绪二十六年（1900年），庚子事变爆发，慈禧太后为加强宫廷保安，召董福祥入京。6月9日董福祥率部进入北京，驻守永安门。6月11日，董部奉命开入永定门，刚好日本使馆书记生杉山彬乘车欲出城郊探望经清廷总理衙门批准到使馆区保卫日本使馆的日本警卫队24人，董军营官喝问“何人”，杉山彬据实回答，然未说完已被营官抽刀刺杀，其尸体被甘军肢解，并剖腹取出腑脏，塞入马粪，再弃于路旁。
6月20日，清廷命令荣禄攻打使馆区，荣禄因怕当替罪羊负责任，先是装病交出兵权，后因懿旨难违，便命没有大炮只有土炮的董福祥部围攻东交民巷的使馆区，而按下自己有德式装备的武卫中军。董部甘军自6月20日至6月23日一连四天每日发炮三百多发，但无法对使馆区造成大损害。6月25日，荣禄奉旨停攻使馆，并派人送西瓜蔬菜等慰问品到各国使馆，又派人假扮走私贩将大量先进德制后膛枪等军火入使馆以加强使馆区的防卫。