的藏巴汗丹迥旺波。
丹迥旺波败退之际，着人向图鲁拜琥求和，图鲁拜琥不允，留下长子达延驻守拉萨，自己亲率大军向后藏追击，丹迥旺波无力自保，在日喀则宣布无条件投降，交出首城日喀则以及茶叶、酥油、糌粑、金银珠宝一千余驮，在固实汗面前认罪。
图鲁拜琥按照处死蒙古贵族习俗，将藏巴汗丹迥旺波装入牛皮袋里，投入湍急的雅鲁藏布江中。
丹迥旺波兵败身死，白教噶玛派的藏巴汗政权，在统治乌思藏地方约二十四年后正式结束，黄教格鲁派不仅摆脱了生死存亡的危局，还在图鲁拜琥支持下，掌控了乌思藏的局势。
图鲁拜琥坐镇拉萨，建立西藏地方政权，新添噶伦达本等官职，健全乌思藏地方行政机构。
最初的议政大殿，是五世达#赖阿旺罗桑嘉措在拉萨哲蚌寺的寝宫甘丹颇章，所以也称为“甘丹颇章政权”，与乌思藏列代的帕木竹巴政权、仁蚌巴政权、藏巴汗政权一脉相承。
图鲁拜琥以黄教护法王的身份，成为掌握整个藏区的最高统治者汗王，形成了由蒙古汗王和黄教格鲁派领袖联合统治乌思藏的局面。
甘丹颇章政权的各级官员，由汗王图鲁拜琥和黄教格鲁派领袖制定，都是尽忠尽力的蒙古族、藏族的有功人员组成，图鲁拜琥把这些人封为贵族，赐给庄园和农奴。
图鲁拜琥还牢牢控制军队的指挥权，他的亲信部队，驻扎在拉萨北面的当雄一带，由汗王直接统辖，被称为“当雄八旗”。
华夏永昌三年（公元1645年），图鲁拜琥给自己的老师罗桑曲吉赠给“班禅博克多”称号，从此后确立了班禅活佛转世系统，由于罗桑曲吉又是五世达#赖阿旺罗桑嘉措的师傅，班禅系逐渐与达#赖系分庭抗礼。
华夏永昌六年（公元1648年），拉萨布达拉宫重修，五世达#赖阿旺罗桑嘉措移居布达拉宫，行政管理机构也随着转移，但习惯上还是称之为“甘丹颇章政权”。
甘丹颇章政权是一种政教合一的政权，首领称为第巴，第一任第巴，是黄教格鲁派摄政索南群培，也就是说，索南群培是甘丹颇章政权第一任正式的行政首脑。
但索南群培却不是甘丹颇章政权的最高首脑，他是第一任第巴，却只能管理乌思藏的日常杂务，军事、赋税都不属于他的权利范围。
甘丹颇章政权的管理者，是一个三人小组：第巴索南群培、班禅大师罗桑曲吉、五世达#赖阿旺罗桑嘉措!因为阿旺罗桑嘉措太过年轻，实际的