吴有性等人的归来，让朱由检大为欣喜。这一次西北的防疫治理行动，算是真正的建立起了一套行之有效的隔离防疫工作办法和组织制度。
当然为此付出的代价也是极为惨重的，初期防疫小组因为不明白鼠疫的传播方式和缺乏必要的隔离措施，导致自身的死亡率超过了50%，即便是后期各项保护措施较为成熟的时期，也因为部分小组成员的疏忽和不遵守纪律，导致了有四分之一组员感染过鼠疫。
不过正是在这种生死之间的磨炼下，吴有性终于带出了一支极富有组织和纪律性的医疗队伍。在崇祯看来，这应当是西北防疫作战中获得的意外之喜。毕竟鼠疫并不仅仅爆发在西北地区，在长江中下游地区也时常有所爆发，只不过长江中下游地区因为山水相隔，疫区平民迁移不及北方容易，因此波及范围不会如北方地区扩散的如此广泛而已。
能够平息掉河套为中心地区的鼠疫扩散，也算是解开了悬挂在北方百姓头上的一块巨石，否则又是旱情又是瘟疫传播，朱由检都不知道要如何解开这么棘手的局面了。瘟疫的传播需要限制人口流动，而北方的大旱却又逼迫着灾民四处流动寻找活路，朝廷不管选择什么对策势必都会激起当地平民的反抗，从而将尚可维持的局面变得无法收拾。
说吴有性领导的西北防疫小组挽救了大明的半壁江山，朱由检认为这不是一句空话。所以他才不惜放下一切，亲自出城迎接了返回北京的吴有性一行人员。这让吴有性等防疫小组的成员颇有些手足无措，因为他们工作的特殊性，沿路的官员和百姓甚至不愿意他们入城休息，生怕他们带来了瘟神。
事实上就连吴有性自己此前在路上思考的，不是如何向皇帝汇报此次西北防疫工作的详情，而是如何向京城的官员解释他们身上并没有携带疫气，从而能够顺利回到城内的医学院内。
然而皇帝的出现，让参与西北防疫成员们面临的诸多问题都迎刃而解了。哪怕那些最为迷信的官员，此刻也不敢拒绝这些和瘟神打过交道的医生们的入城了。一路上行来颇感到委屈的年轻医生们，在得到了皇帝亲自出城迎接的礼遇之后，心中的不满也渐渐散去。
崇祯在欢迎了这些医生们的返回之后，还当众向他们宣布，此次参与西北防疫而牺牲的医生和学生们，都将会被授予英雄的称号，以表彰他们在对抗瘟疫中所展现出来的人道主义精神。
参与西北防疫的医生和学生们，虽然比普通人更有觉悟，但是他们也依旧是渴望被理解和认可的。皇帝当面表现