文职官员组成的国防部来领导，才是朱由检心目中最为合适的军队上层架构。
军官组成的参谋会议负责如何打仗，而文职官员组成的国防部则控制着预算和作出战略上的决定。如此一来，军队不必担心由一群外行来领导自己，而官僚集团也不必担心武人的权力不受控制，形成一个强大的军事集团。
只不过对于现在的大明来说，这样的机构重建还不是时候。毕竟五军都督府现在是勋戚们少有的可以出任官职的地方，虽然崇祯已经极大的缩减了勋戚在五军都督府的任职，但十年时间还不足以形成一个新的任官机制。
至于兵部的官员们在整肃之后虽然变得老实了许多，但是总参谋部成立的时间还是太短，参谋军官们毕竟还是过于年轻，难以和官僚集团在官场规则下进行博弈。
是以崇祯宁可保持着现在的暧昧状态，以便自己随时可以插手双方的权力争斗，在他的偏袒之下，官僚集团显然是无法压制总参谋部的。
杨嗣昌的主张固然很有想法，但是在崇祯看来，手上的这份计划书还是超前了十年，也许十年之后来考虑这个问题，才是最为合适的。
看完了手上的计划书，崇祯深思了十来分钟，方才对着杨嗣昌说道：“杨卿的想法还是很有见地的，朕觉得这个方向是正确的…”
皇帝的话语顿时让杨嗣昌的精神大为振奋，就在他聚精会神的继续听下去时，崇祯却突然转折道：“…但是，朕并不觉得目前是调整三个衙门职权的好时机。
杨卿想必应该知道，我们的军事改革计划尚没有完全落实，我国真正可以称得上是军队的武装力量现在还不到30万。剩下的160余万武装力量，只能称之为准军事力量，让他们维持一下地方治安尚可，将他们调往前线和敌军作战，无疑就是让他们去送死。
因此在目前的局势下，对于军队的重新整编和装备更替才是朝廷优先关注的大事。想要达成这一目标，我们就必须容忍总参谋部的部分逾权之举，否则我们就是在阻碍军队改革计划的实施。
像大明这样拥有辽阔疆域的国家，30万陆军是无法护佑住整个国家的安危的。如果一个国家连国民的基本安全都保障不了，谈论军队的权力过不过大，朕觉得毫无意义…”
杨嗣昌显然没能预料到皇帝的转折会来的如此之快，一时都有些反应不过来了。不过他毕竟在陕西接触了一些地方民情，知道崇祯说的军队弊症并不是信口开河。
他希望能够明晰三个衙门之间的权责，