可惜，杨光先找错了对手，地如圆球不仅已经被欧人环球航行所证实，拥有后世灵魂的崇祯更是已经不知道多少次看过卫星图片下的地球了。所以杨光先等人反驳科学院提出的自然科学理论，完全没有得到崇祯的认同。
不过崇祯倒也是发觉了，放任这些被革去了差事的钦天监官员在家闲逛，终究不是什么好事。这些人的身份实在是太过敏感，而此时大明的百姓又太过愚昧，朝廷说什么百姓大概还要半信半疑，但是这些钦天监官员说上几句，百姓们就一个个奉为真理，还以为得了什么天机。
不过崇祯很快就发现了，这些被淘汰下来的钦天监官员能够做什么了。他们对于科学历法的研究也许不成，但是糊弄愚人的把戏倒是知道的不少，且有些人对于本业的研究虽然不深，但是对于天方教义的研究却极为认真。
比如这位南京钦天监出身的王岱舆，他不仅通过阿拉伯文熟读了天方教的外文经籍，还攻读了中国经史及宋明理学兼及道佛著作，如果不是钦天监世业的制度，倒是说不准可以成为一方学者了。
于是崇祯便下令将这些钦天监被淘汰的官员集合了起来，让他们按照正德皇帝修订过的天方教经书版本为基础，重新修订了一份中国版本的天方教经书，准备以此来纠正国内天方教信徒的正信。
天方教自唐时传入中国以来，在元朝带回中国的色目人的影响下，在中国出现了一次天方教大规模传播的时期。虽然大明开国皇帝规复中原之后，对蒙古人信奉的密宗、色目人信奉的天方教都进行了打击，但是天方教已经在中国各地扎根，难以尽除了。
而基于首要打击蒙元的战略，太祖高皇帝对于这些色目人的后裔采取了怀柔之策，除了禁止他们继续内婚制外，并将之拆散分居于各处，试图同化掉这些色目人。两百余年过去之后，这些色目人倒是因为和中国人通婚而看不出自己的民族特征了，但是天方教却并没有如同佛教一般转化为中国式的宗教。
这些天方教徒依旧在使用外国文字的经书，并为自己起一个外国名字，称之为经名…这种种习俗都表明了，天方教的信徒以一种顽固的方式拒绝中华之同化，试图保留自身的独立性。
当然也有如同王岱舆这样的人，试图将天方教教义和中国的儒学结合，从而把天方教真正的融入到中国之中。只是，中国的士大夫们一向极为警惕外来的宗教，即便天方教在中国流传了数百年。王岱舆之类的人官职不高，名声不显，他的主张也并不能让主流的士大夫们所认同。