年初从京城返回之后，郑芝龙便抓紧时间开始建设厦门岛和北港。就地理条件来说，厦门岛作为港口比北港要优越的多。
而福建沿海大量的贫困百姓，也给厦门岛的建设提供了大量的廉价劳动力。更不必提，但凡是造船所需的各种材料，福建各地都有着充足的供应。
不过北港也有另外一个好处，因为同大陆间隔了一座海峡，因此那些有权利监管他的地方官员，很难获得他在北港的一应举动，倒是给了他自由发展的空间。
因此郑芝龙在建设自家船队的基业时，把大头放在了厦门岛，但是北港却也没有就此放弃。就连他的台海巡阅府，也在两地各建了一所衙门。
这种双头并进的方式，虽然极大的扩张了他对于台湾海峡的控制权力，但是却也给他造成了不小的经济压力。
郑芝龙被封爵后，在安平老家动工建设的大宅不得不暂时停了下来。把主要的资源都集中到了，两个港口和厦门造船厂的建设上去了。
经过了一年多的建设，北港倒也罢了，这厦门岛的模样倒是彻底发生了变化。厦门岛曾经是鸟类的天堂，岛上并无多少居民，因此也被称为鹭岛。
自明初开始，迁移到岛上的人口才开始兴盛起来。不过在崇祯下令此地开港之前，厦门岛除了一些渔民之外，最多的人口还是军士。
厦门岛西、南、北三面被大陆环抱，东与金门岛隔海相望。厦门岛附近岛屿星罗棋布，岛内群山四周环抱，两个天然港湾海阔水深，终年不冻，既是天然良港，也是同安县的海上屏障。
岛的西岸、北岸距大陆较近，近岸为起伏不大的丘陵。东岸、南岸则滩窄水深，船只难以靠近。因此明朝在此设置了一个卫所，以防范海盗，即中左所。
厦门岛西面与海沧半岛之间的海港古称：鹭江。虽然号称是江，实际上却是一条海沟。这里水面开阔，风浪难及，是最为优秀的海港。
鹭江同厦门岛西南部的筼筜港相连，也是郑芝龙优先修建的港口。在筼筜港的南面，还有一座小岛作为屏障。这座叫做鼓浪屿的小岛，同厦门本岛只隔了一里有余，但是此岛因长年受海浪侵蚀，形成了许多幽谷和峭崖，沙滩、礁石、峭壁、岩峰，相映成趣，是一处风景极佳的所在。
不过在郑芝龙手中，这座景色优美的小岛，就变成了一处屯兵的场所。厦门岛西南部山崖陡峭，唯东北方较为平坦。
因此为了保卫新建立的厦门港，鼓浪屿就成了一处前哨军营。而筼筜港的北