尼拉，至于南部的棉兰老岛，至今都未承认马尼拉的统治，也是现在西班牙人最头痛的敌人。马尼拉每年都需要花费大量的精力同棉兰老人作战，以至于无法染指更为南方的香料群岛。
马尼拉对于菲律宾人的统治，采用的是赐封制度。即任命一位西班牙人作为某一块地区的封君，大致在300-600户之间，而当地的土酋协助他治理这块区域。
这名西班牙人只要尽到每年缴纳固定的税收，马尼拉就不能干涉他在这一地区颁发的政策。
按照马尼拉的命令，每个菲律宾土著要缴纳8个里亚尔的年贡。而当地的封君，一般会征收9-15个里亚尔每人。
此外，马尼拉的天主教会，也同样是西班牙人统治当地的帮凶。西班牙人没到之前，菲律宾群岛上约有100万人，大部分都是*。
但是到了现在，吕宋中北地区、还有民都洛岛等一些小岛上的土著，都已经成了天主教徒了。
对马尼拉来说，菲律宾本地的产出并不丰富，唯一值得一提的，就是民都洛岛上的一个小金矿。马尼拉每年最大的一笔收入，还是来自于马尼拉城的贸易税收。
对于陛下您提出的，建立明国和西班牙之间的正式贸易关系，这几人都认为马尼拉是不会拒绝的。
但是想要扩大墨西哥-马尼拉的贸易规模，运送美洲的棉花、剑麻、可可、咖啡、橡胶等特产来马尼拉，交换我大明的各项商品。那位堂加西亚认为，这个想法大约有些难度。”