出现不断的逃亡。
对于那些军官来说，军户逃亡的越多，他手中控制的土地就越多，截留的军饷也越多，而军官又是一个管理者，不需要对军屯上缴的粒子银负责，这就变成了一个奇怪的现象，军屯的官员们权力很大，但是责任却一点都没有，是以侵占军户田地的事就变得越来越频繁了。
但是最最重要的是，大明实行的是定额税制度。也就是说明初太祖时期，制定了你这个军屯卫所缴纳多少税收，一百多年过去了，你这个军屯卫所依然要缴纳这么多税收。不管你这个军屯卫所人口有无增长，田地有无减少，始终不变。
这种拍脑袋想出来的财政政策，完全没有任何弹性。当军屯卫所人口增长，荒地开垦出来时，国家不能多收。当军户开始逃亡，田地大量被地方缙绅侵占的时候，国家同样不会少收。
最后的结果就是，军户都逃亡当了流民，而军官却成了大地主。国家税收荒芜了，地方缙绅、军官和当地的镇守太监却塞满了腰包。
想要清理军屯，必然就要得罪地方缙绅、当地的镇守太监、还有作为直接受益者的军官们。这条路何止是艰险，简直就是九死一生。