《黑客帝国1》结尾说到，尼奥终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活”的同时，他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：尼奥将带领昆仑基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身。
实际上，整个《黑客帝国2：重装上阵》是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。在上集打败密探史密斯、救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐飞船返回地球上最后一个人类据点——昆仑基地。
在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比美眉。另外，基地的政治家们也上场了。
就在这时，矩阵系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻昆仑基地，积弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；
当然，墨菲斯他们的飞船上有各种各样的资料，自然少不了中国那几本名为《左传》《史记》之类古籍的电子版本，尼奥他们一下便想到了“围魏救赵”的良策，决定再次潜入矩阵，从内部破坏它，最后达到消灭机甲兵团的目的。
《重装上阵》从开始就走酷炫，冲突不断，打斗升级，延续第一部的哲学科幻，并以此放大，各种‘软件’开始出现。
种种匪夷所思的能力看的大家眼花缭乱。
曾有媒体这样评价，说：“比起首集所提供的东西，《黑客帝国2：重装上阵》用更多的细节发展了它独特的世界。”
当然也有反面的评价说：“完美是不需要解释的，但《黑客帝国2：重装上阵》就是一个解释，把一个完美的断面缀上前言和后语。商业就是要投其所好，凡是首集里博得喝彩的，《黑客帝国2：重装上阵》里一定奉上而且双份。武打更多，子弹更炫目，造型更时尚，只不过除了剧情让人吃惊外，似乎一切都不如想像的好，可能我们的胃口实在被吊得太高了。”
总之，好的评价和反面的评价都有很多。
但不可否认的是，电影的确精彩！
各种眼花缭乱的打斗场面，各种匪夷所思的剧情铺垫，抛开你带着挑剔的眼光去看，谁都不能否认这是一部很完美的科幻电影。
也是一部开创的科幻电影，自然不能免俗的是——除去第一部让人眼前一亮的另类哲思，这里这种